La ciudad de Fez fundada por Idris I, fundador de la dinastía Idrisí. Más tade, en 810, Idris II convirtió a Fez en la capital de su Estado. en 859 Yahya Ibn Muhammad  construyó la Mezquita de “Al Kirawaine”, considerada una de las más grandes y antiguas deAfrica. asimismo fundó la Universidad de Kirawaine que está asociada a la misma Mezquita. En 818 la ciudad recibió a numerosos árabes procedentes de Córdoba, y de Túnez por motivo de unas revueltas.  También, tras la toma de Granada por los Reyes Católicos en 1492, muchos musulmanes y judíos emigraron a Fez.

Fez se convirtió en capital del reino watasida en 1472. Los Watassidas pertenecían a una tribu de berberiscos Zenetes, como los sultanes benimerines. Las dos familias estaban emparentadas, y los reyes benimerines reclutaron a muchos de sus visires entre los Watassidas. Los visires tomaron poco a poco el poder, hasta que el último sultán lo perdió completamente en 1465. Siguió un período caótico que duró hasta 1472: Marruecos se encontró dividido en dos, con una dinastía que surgía al sur, los saadíes, y al norte el sultanato watasí.En 1469 los musulmanes acababan de perder la casi totalidad de sus territorios andaluces y ya no conservaban más que Granada y sus alrededores (hasta 1492) y los reinos hispánicos comenzaban a ocupar las costas: los portugueses tomaron Ceuta (1415), la isla de Perejil (1415), Tánger (1471) y Mazagán (1514), y los castellanos Melilla (1497). Este período conoció una gran afluencia de musulmanes y judíos andaluces hacia Marruecos, obligados por la orden de conversión forzosa al cristianismo.En 1522 la ciudad sufrió un terremoto que la asoló, pero fue reconstruida en los años siguientes. En 1554 es conquistada por los saaditas, aunque fijaron su capital en Marrakech. A finales del siglo XVII, Moulay Ismail, sultán de Marruecos de la dinastía alauita, eligió Meknes como nueva capital e instaló en Fez al clan de los Udaia, que le habían ayudado a obtener el poder. Tras la muerte de Moulay en 1727, los Udaia se rebelaron, pero finalmente fueron expulsados de la ciudad, y Fez volvió a ser la capital del reino. Fez fue capital de Marruecos durante varios periodos de la historia, pero perdió ese previlegio con la ocupación colonial francesa